目前生物質成型機面臨的問題有：
1、成型機的種類不少，但真正形成批量生產進入市場的不多，一個機型幾年來累計生產銷售也就幾臺到幾十臺，形不成規模。原因是多方面的。這里有機器售價高(哪里要一臺就生產一臺，成本降不下來)，質量不過關，維修頻繁，銷售策略有問題(賣一臺就想多賺點，不能薄利多銷)。2、市場上見到的機型，大多是作飼料用的，用做生物質顆粒燃料的不多，即真正用作燃料的，也是靠政府補貼用于試驗示范的多，市場化運作的少。
3．比較普遍的問題是成型機的質量問題，材質和熱處理工藝不過關，三天兩頭壞，影響用戶正常生產，傷透腦筋。
4．成型燃料的售普遍偏高。燃料成本的構成由原料費、機器的折舊、人員工資、電費、維修費、場地費等項組成，再加上利潤、運輸費，才變成了銷售價。現在成型燃料有賣600元，噸、有賣800元，噸的。用戶也會算帳，按熱值折算，1.4．1.5噸生物質成型燃料和1噸5000—5500大卡，公斤的煤熱值相當，如果超過了煤價，用戶買生物質成型燃料就會大打折扣，甚至不用。
5.秸稈的收集、儲運問題還沒有一個好的解決辦法。有一個現實的例子，有一個地方的農民秸稈放在地里，他可以一把火點著了，一分不值。可是你要收他的秸稈，少120元/噸不賣。現在有的地方收秸稈到了180元/噸，無形之中增加了成型燃料的成本，售價高了，就影響銷售，除非政府財政補貼。松散的秸稈重量輕但占地面積大，不可能長途運輸，否則成本增加，儲藏除非有大的場地。這些現實的問題應有一個妥善的解決辦法才行，否則成型機質量再好，這些管理問題不解決也不能推廣應用。
6．普遍是工人操作環境差。不管大機組還是小機組，秸稈原料沒有經過預處理，土、灰都夾雜在散碎的秸稈物料中，加工過程中灰塵飛揚，操作環境很差。解決這個問題不難，但是成本又要增加。
