1、建設(shè)和運營成本相對較高
(1)單位造價大。與常規(guī)的燃煤發(fā)電相比，秸稈發(fā)電燃料的特點決定了其單位千瓦投資大。
(2)燃料成本高。相比傳統(tǒng)燃煤發(fā)電，秸稈發(fā)電的燃料成本構(gòu)成更加復(fù)雜。秸稈發(fā)電燃料成本不僅有秸稈等原料的購買成本，還有占較大比重的加工成本、儲運費用以及損耗占燃料成本，農(nóng)作物秸稈可以經(jīng)過秸稈顆粒機(jī)、秸稈壓塊機(jī)壓制成生物質(zhì)成型燃料，生物質(zhì)成型燃料主要供生物質(zhì)電廠燃燒使用。
(3)對秸稈發(fā)電的環(huán)境價值認(rèn)識不夠，單純的從直接的投入、產(chǎn)出角度考量秸稈發(fā)電項目的成本，沒有考慮秸稈發(fā)電所帶來的環(huán)境效益。
(4)秸稈發(fā)電項目需要一定的輔助人員，而這些輔助人員主要集中在燃料這部分，使秸稈發(fā)電需要較高的運營人工工資和管理成本。
2、產(chǎn)業(yè)鏈還需要進(jìn)一步完善
(1)能源發(fā)展的資源調(diào)配問題研究不足。目前國內(nèi)對于新老能源發(fā)展資源調(diào)配的研究還存在著空白，使得發(fā)展秸稈發(fā)電在資源調(diào)配領(lǐng)域缺乏理論支持。
(2)人才支撐不夠。目前國內(nèi)缺乏現(xiàn)成可供借鑒的運營企業(yè)，各科研單位和院校也沒有設(shè)置對口的專業(yè)，導(dǎo)致缺乏真正熟悉和掌握秸稈發(fā)電的人才。
(3)科研和技術(shù)支撐不夠。秸稈發(fā)電技術(shù)跨度較大、綜合性較強，既涉及到系統(tǒng)的運籌和管理，又涉及到農(nóng)業(yè)、農(nóng)機(jī)，國內(nèi)從工程設(shè)計、基礎(chǔ)性科學(xué)、機(jī)械設(shè)備等方面的研究都落后于現(xiàn)在產(chǎn)業(yè)的發(fā)展水平。
(4)國內(nèi)與秸稈發(fā)電相關(guān)的軟科學(xué)研究落后。對秸稈發(fā)電項目的生命周期缺乏認(rèn)識、判斷、評價和控制。
(5)秸稈發(fā)電外部性經(jīng)濟(jì)分析不透徹。無法得到明晰的秸稈發(fā)電外部效應(yīng)，進(jìn)而無法為國家政策對秸稈發(fā)電項目進(jìn)行扶持提供支持。
3、存在無序競爭的可能性
秸稈發(fā)電產(chǎn)業(yè)是典型的“小電廠、大燃料”，燃料供應(yīng)是生物質(zhì)發(fā)電項目正常運營的前提。中國人多地少，秸稈體積大、重量輕，不適合長距離運輸，導(dǎo)致燃料收購、儲存和運輸均較困難。若項目容量太大或者項目之間規(guī)劃距離太近，或在以農(nóng)作物秸稈為原料的造紙、飼養(yǎng)行業(yè)發(fā)達(dá)的地區(qū)規(guī)劃建設(shè)生物質(zhì)發(fā)電項目，將會對秸稈發(fā)電項目的正常運營造成非常不利的影響。目前，有些省份己出現(xiàn)了一個縣（市）布點多個生物質(zhì)發(fā)電項目或規(guī)劃多臺機(jī)組的問題。學(xué)術(shù)界也在積極呼吁，在規(guī)劃上加強宏觀調(diào)控。
