所加工原料含有適宜的水分，秸稈顆粒機才能加工出理想的生物質燃料，即可以達到理想的成型效果。合適的水分含量，一方面能傳遞壓力，另一方面有潤滑劑的作用，輔助粒子互相填充、嵌合，促進原料成型。含水率過高或過低都不利于壓縮成型。不同的成型方式，對原料含水率的要求也不盡相同。一般要求農作物秸稈的含水率小于15%，從自然界中收集的生物質原料含水率多為20%～40%，高者可達55%，因此需要對原料進行干燥處理（根據原料所具有的幾何形狀與大小，可以選擇適宜的烘干設備進行水分處理。）
原料含水率過高時，水分容易在顆粒間形成隔離層，使得層間無法緊密結合；一部分熱量消耗在多余的水分上；加熱產生的蒸汽來不及從成型筒排出，體積膨脹，在成型筒的縱向形成很大的蒸汽壓力，輕者使產品開裂，重者產生“放炮”現象，不能成型，還會危及人身安全。
原料含水率太低，不利于木質素的塑化和熱量傳遞，不易成型。微量的水分可促進木質素的軟化和塑化；水分作為潤滑劑在生物質團粒間流動，降低了團粒間的摩擦力，通過壓力作用與果膠質和糖類物質混合形成膠體，發揮黏結劑的作用，易于滑動而嵌合。
秸稈顆粒機加工生產新型環保燃料是，所加工的原料水分含量一定要控制好，這樣不但可以預防一些不必要的麻煩出現，而且可以實現高效生產，實現理想成型，并且還可以將秸稈，棉桿等原料的使用商機推到高峰。
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