我國在發展生物天然氣方面，具有原材料供應充足的優勢。據估算，僅鮮糞和秸稈，全國每年產量就多達18億噸，如果能將這些鮮糞和秸稈中的未利用部分進行轉化，那么每年可生產約600億立方米生物天然氣。這是個相當驚人的數字，約等于去年我國天然氣消費量的31.06%、進口量的96.15%。因此，發展生物天然氣除了可以滿足環保需求外，還能減少我國天然氣對外依存度，保障能源安全。
不過，生物天然氣雖好，但受種種因素制約，我國相關產業尚未形成規模，發展程度不及德國、瑞典等發達國家。究其原因，主要有兩個：一是生物天然氣成本居高不下，商業模式不成熟;二是生物天然氣并入天然氣管網存在市場壁壘。
風電、光伏發電的發展經驗表明，生物天然氣成本高的問題，可以隨著國家補貼政策的實施和市場應用規模的擴大而逐步降低。而市場壁壘則因人為因素居多，且“破壞力”較強，亟待盡快解決。
《指導意見》提出，要加快形成專業化投資建設管理模式，建立縣域生物天然氣開發建設專營機制，培育和創新商業化模式，推進生物天然氣無障礙并入城市燃氣管網及配電網。顯然，這些要求正是針對生物天然氣發展兩大阻礙因素的，只不過細化落地尚需時日。
另外，也有學者建議，國家應考慮將生物天然氣納入化石天然氣范疇，而不是納入沼氣范疇，讓生物天然氣享受到與化石天然氣一樣的優惠政策;將沼肥列入有機肥補貼范疇，完善沼肥利用體系。二者的目標，都是使生物天然氣更加具有商業價值，以吸引更多投資，促進生物天然氣規模化發展。
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