1、燃燒熱效率低：直接燃燒木柴的熱效率很低，一般只有10%-15%，造成資源的極大浪費。
2、降低生態環境質量：過度砍柴會破壞土地植被，降低水資源涵養能力，加速水土流失，造成生態環境惡化。
3、占用勞動力：收集柴火需要大量的勞動時間和勞動力，造成占用勞動力的問題。
4、破壞樹木和植被：為了獲得更多的木柴能量，會發生森林砍伐和森林破壞的現象，特別是一些具有較高經濟價值的珍貴樹種和品種也會被破壞。
5、遺留安全隱患：到處堆放柴火會造成生活環境污染，容易導致火災、疾病等不安全隱患。
6、二氧化碳排放：大量的木柴燃燒，容易造成空氣污染，從而影響環境。從1991年到2001年，我國每年木柴消費產生的二氧化碳排放量約占我國每年二氧化碳排放量的3%到5%。從1996年到2003年，傳統農村使用產生的二氧化碳我國紅木產量2454.11萬噸，2001年至2007年，云南省農村木柴年平均二氧化碳排放量分別增加44.2噸、61.5噸、72.9噸、70.7噸、69.5噸、64.6噸和662萬噸。
為什么經過機械加工含有生物質顆粒燃料可以燃燒呢？
1）碳含量較少，生物質燃料中碳含量僅為50%左右。
2）氫含量略高，揮發性物質明顯增多。生物質中的大部分碳與氫結合形成低分子量的碳氫化合物。在一定溫度下，揮發性物質分解沉淀，生物質燃料容易著火。
3）生物質燃料含氧量遠高于煤，使生物質燃料燃燒更充分。
4）生物質燃料密度明顯低于煤，生物質燃料質地疏松，易燃燒，灰炭中的殘炭小于煤灰中的殘炭。
5）含硫量低，生物質燃料含硫量超過0.12%，鍋爐不需要安裝脫硫裝置。
6）生物質釋放的二氧化碳非常低，可以認為是零二氧化碳排放。
7）生物質燃燒后的灰可用于制肥。
8）生物質可與煤混合，提高燃燒效率（國家綠色能源政策不允許采用這種方法）。
9）生物質燃燒可以實現生物質廢棄物的減量化、無害化和資源化利用。
